庆、泾各属一律肃清回军、土匪，董志原固守的回军也被徐占彪肃清，自此董志原全部收复。
自陕西回民军入踞董志原，当地居民的生命财产、农田窑舍、城堡村落，均遭受了巨大的破坏。
远近城邑寨堡惨遭杀掠，民靡孑遗千里荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝，被祸之惨，实为天下所无。
清军师行所至，井邑俱荒，水涸草枯，回军因此而多所死亡，清军亦因此而艰于追逐。
董志原居民除在兵乱中被杀、饿死、病死者之外，还有一些逃往陕北途中沦为难民，甚至沦为土匪，无力自救，惨苦至极。
战乱过后，庆阳一带杳无人迹，城内荒草成林，骨骸堆积，奇禽猛兽相聚为害。徐占彪先令战士、民夫斩荆披棘，掇拾尸骨掩埋，城中方可驻扎。
勇阳府城周有山有壑，老百姓可藉以藏匿，董志原为黄土高原空旷平坦，在清军来回扫荡之后，能存活下来的百姓就更少了。其绝户绝村之数，数不枚举。
真是千村薜荔人遗失，万户萧疏鬼唱歌。
无论平、庆、泾、凉一带纵横数千里，黄沙白骨，路绝人踪。陇地荒瘠，人民百不存一矣，野狼最多，夜不敢行路。
董志原收复之后，左宗棠认为，甘肃“兵事方始，必先将陕西接壤之平、庆、泾、固一带布置大兴屯政，然后进可战，而退可守。”
为此，左宗棠一面派拨官军前赴董志原扼守各要隘，一面办理兵屯民屯，庆阳、合水、宁州亦须次第经理。
并从如下几个方面进行了治理与开发。
1。遴选官吏，组织善后。
陇东收复后，左宗棠首先奏请朝廷“破除文法”，打破常规，就近遴访甘肃人员署理府州县各篆，招辑流亡，计口散粮，以延喘息。并给籽种农器，督劝丁壮及时耕种，以规久远。择险隘为兵屯，统领、营官主之。就堡寨为民屯，府州县主之，均因其地之所宜。按节候播种粟、糜、荞、麦诸种，督课军民，日事锄垦。
按清代的人事任免制度，地方州县官员的任命须由吏部从外省诠选，不得就近选调。由于当时陇东新复，许多州县都缺少官员组织善后工作，从外选调官员远水不解近渴，且未必熟悉陇东情况，所以左宗棠特事特办，要求朝廷同意就近从甘肃选配地方官吏，组织各项善后重建工作。
2。招徕难民，广兴屯垦。
由于战后“庆阳一带只剩空城”，左宗棠决定将曾随从董福祥等沦为土匪，现已归降的平庆籍难民招回原籍。这些人由于躲避回民起义，不得已背井离乡，又被逼沦为土匪，招隆后大部分已被安插在陕北一带。
3。设置县丞，强化管理。
在董志原增设县丞，加强地方政权建设的重要举措。
4。禁种罂粟，引种棉桑。
西北关陇一带地少而贫瘠，但长期以来有栽种罂粟的陋习。栽种罂粟和吸食鸦片不仅是甘肃贫困之因，也是西北民风由悍而颓靡的致衰致乱之源。为此，左宗棠提出了一套禁种罂粟倡种草棉的发展计划。
5。凿井抗旱，以工代赈。
提倡以工代赈，凿井灌溉，试行区种之法，搞生产自救。左宗棠要求“甘肃各州县，除滨河及高原各地方向有河流泉水足资灌润外，惟现办赈之庆阳、宁州、正宁等川地较多，尤宜凿井。就是搞以工代赈，“
董志原和庆阳各州县人民就是依靠左宗棠的赈济和大兴凿井灌田之法度过战后的动荡。
6。修路植树，改善环境。
左宗棠把修路和栽行道树、护路树作为进军的重要一环，道路修到那里，行道树就修栽到那里，仅从陕西长武县经陇东到会宁县止的六百多里的道路两旁，历年种活的榆柳，就有26万余株。所种之树，密如木城，行列整齐。这些树林被甘肃人民称为左公柳，以表达对倡导者左宗棠的缅怀之情。
在庆阳各属，环县属境种活树一万八千余株；董志县丞及镇原县境种活树一万二千余株。
董志县丞所在地就是董志县城，在那里大量树木的栽种，改善了董志原的生态环境和生存条件。
此外，左宗棠部属还修治道路，平庆泾固各属驿站，固原北至平远以达惠安堡盐路，均已一律修治平坦。又承修平凉、庆阳、隆德、合水、董志县丞、镇原、平远各府县城垣、衙署及各祠庙、堡寨、驿馆。
这些基础设施的兴建，加上树木的栽种，极大地改善了董志原的面貌，董志原又绽露生机。
平庆泾固道魏光焘视察甘肃东路，善后诸务施治。修筑城堡、平治道路、搭架桥梁、开浚河流、种植官树、利民之政、百废俱兴。